Waterfox目前有兩個分支，Waterfox Classic和Waterfox Current。Waterfox從56.2.14版後，開始改稱為Waterfox Classic，版本號以釋出年月命名，Waterfox Classic作為舊分支仍會繼續維護，保持安全更新和缺陷修復。新一代Waterfox則基於Firefox Quantum開發，首版為Waterfox 68，基於Firefox 68 ESR開發，之後版本改稱為Waterfox Current，版本號同樣以釋出年月命名，Waterfox Current作為新分支則會聚力於新功能更新，如同Firefox Quantum一樣也不支援舊式擴充件，舊式擴充件需要移植才能相容於Waterfox Current

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