您要先釐清現在到底是"業主市政府"以違反合約圖為由要求包商停工？
還是"主管單位建管處(也算市政府)"以主要結構變更違反建築法為由，依法勒令停工。

前者有得商量，可以有限度復工；後者沒得商量，重新請照沒過就一直等下去。