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在地球的洪荒時代，天地精氣孕集，陰陽交融，有名而自無名始，兩儀生四象，四象生八卦......打住！反正經過複雜到沒人說得清楚的物理化學反應後，地球上開始生長生命之樹，一級一級地產生各種各樣的生物，擴散於地球的陸地、海洋與天空，使天地之間充滿了生機。終於有一天生命之樹生長到了最頂點，陽氣精華與陰氣精華各自凝結成為Adam（亞當）與Lilith（利利斯），Adam是雄體而Lilith是雌體的最高形式生物。在他們“禁斷的融合”後Lilith產生了一個“Lilith之卵即黑之月”，從中進而產生了十八個使徒，其中十七個獲得了生命之果。不知是不是因為生命之樹上生命之果只長著十七個，第十八使徒只能將就獲得了智慧之果，因此A.T. Field的力量微弱，不足以維持一個總形態，只能分化瓦解以不同的形態存在著，這就是——人類。生命之樹從此也不再存在，但生命之樹中的“光和水”，即能量與傳輸物質，構成了人類的靈魂。最後生命之樹只剩下一點點沒爛掉的根根鬚鬚，成為後世所稱的郎基奴斯長槍。Adam、Lilith及二到十七號使徒均進入了休眠狀態，而仍處蒙昧的人類則各奔前程，其中有一些智者還知道曾經發生過的事情，這些事情被作為傳說寫進了死海文書，或許還被寫進了山海經也說不定的.......
時光飛馳，當年的第十八使徒——人類，足跡已經遍步地球，憑藉智慧發展出高度發達的文明，並以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人與人之間產生隔閡，心靈中充滿冷漠與悲哀，孤寂感迫使人類開始尋找新的生存之道......西元1947年，在約旦溪谷的洞窟中，一些吉普賽人偶然發現了死海文書，震驚了考古學界。其破譯工作持續了很多年，終於取得成功。其記載內容令人震驚，不但指出人類與使徒的起源，還指出將來某一時刻由Adam與Lilith所生的必將歸還本體，重新生長出生命之樹並產生新形態的生命體。在這一過程中，人類和使徒，哪一方控制Adam是至關重要的，因為遺傳因數都從Adam而出（所以Adam也稱作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回歸Lilith之卵後，便可以成為新生命形態，或者說就是成為神，而失敗的一方只有死亡（贏的一方儘管也得死但靈魂得到拯救呵呵）。因此在這個約定時刻到來之前，使徒一定會蘇醒來與人類為敵，人類要順利完成回歸就必須在此之前消滅全部使徒。
為此目的，秘密組織Seele成立了，它的德文意思是靈魂，以基路議長為首，制訂了人類補完計畫的劇本，或稱時間表，其下屬執行機構為GEHIRUN（意為大腦），以後改稱為NERV（意為神經）。Seele在全世界招收研究人員，其中有一名是在日本京都大學從事研究工作的女學生碇唯，在1999年她所寫的研究報告引起了形而上生物學教授冬月的注意。同時注意她的還有一心要往上爬的六分儀源度，只用了幾個月時間他就把唯泡到手，並由此也進入了Seele組織成為第十三位成員（這個數字註定他是背叛的猶大）。隨著研究的深入，Seele在2000年向南極派遣了葛城考察隊，但其中只有源度一人知道考察的最終目的.......
上帝說，我會回來的，當我回來時，我要毀滅這個世界！
挪亞遵從上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命從大洪水中存活了下來。這次大洪水是上帝的懲罰，被稱為第一次衝擊。從考古學的角度來說，遠古確實有過一次毀滅了世界上大部分人口和許多史前文明的大洪水，並留存於世界上各個民族的傳說中。
西元2000年8月，葛城考察隊到達南極，他們發現的巨大人形生命體，實際上是Adam與Lilith的融合體。 葛城的計畫是攫取或控制Adam與Lilith的S^2機關，將Adam與Lilith分離並縮小後用於人類未來的補完計畫。但是有件事他不知道，Adam與Lilith無論是融合還是分離都會釋放巨大的爆炸能量和反AT Field力，這就與核聚變與核裂變都會產生大爆炸與衝擊波的原理一樣，只是爆炸量不同。所以儘管Adam與Lilith分離所造成的災難不會滅亡全部人類，但卻將殺死地球上的一半人口。而十六年後的第三次衝擊是Adam與Lilith的重新融合，整個世界都將再劫數難逃了。
一無所知的葛城繼續他的分離實驗，甚至將自己的女兒也帶在身邊。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡攜帶資料離開南極，第二天實驗便以一場大爆炸告終。強大的反AT Field力喚醒了第二使徒，即那張模糊的照片上發出白光的巨人，它張開的巨大翅膀覆蓋了整個南半球，魔鬼般的咆哮聲中南極化為一片血海，巨大的海嘯數小時內就淹沒了大片陸地，使數以億計的人喪生。在這場末日災難中，只有葛城美里被其父親奮力解救逃脫，碇源渡隨後返回南極順便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯槍被留了下來（患上失語症的葛城美里被關在一艘南極考察船上近兩年，似乎回收工作持續時間很長）。第二次衝擊引起的連鎖災難直到2002年才漸趨平靜下來。地球上的氣候也變得怪異，如日本就變成全年皆夏，無論何時都聽到蟬的叫聲，這恐怕是因為地軸偏轉的緣故。
Seele從死海文書中知道第二次衝擊喚醒的不光是第二使徒，實際上所有使徒都已蘇醒，只是它們還需要一段時間來積蓄能量（第二使徒就是因為能量不足而被制服）。Seele經過調查還發現，衝擊發生那一天有一個孩子誕生時有奇怪的現象伴隨發生，這個孩子的名字叫做渚薰，於是連忙將他監控起來。這個孩子儘管被教育成非常有修養有魅力的人，但是他時時刻刻都沒有忘記自己的真實身份與誕生目的，那是他自由與死亡的宿命..........
亞當問上帝，為什麼世間萬物獨有我如此孤獨？於是上帝取他的肋骨製造了夏娃。
西元1997年2月23日，生物進化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳動物多莉羊誕生。 人類對自己手中擁有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓言：
God's in his heaven,all rights with the world！——Seele座右銘
西元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位於箱根的人工進化研究所（GEHIRUN的對外名稱）地下第二實驗場，親眼目睹了自己的母親在初號機中化為次量子狀態（同步率百分之四百）。不久之後，碇源渡將小真嗣託付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成為了真嗣心中的惡夢，在長大後仍不斷躍出腦海......
但他並不知道父親與其背後的Seele正在從事的浩大工作。第二次衝擊後，位於日本相模灣邊的箱根地區下的巨大球形空間內，成百萬噸的沙土被移走，地表中裝置了二十二層裝甲防護，可謂是固若金湯，人類進化研究所就以此為基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作為人類補完計畫的補助，平行實行了E計畫，從南極運來的已經失去S^2機關的第二使徒被裝上了拘束裝甲，成為人類未來補完的重要工具——EVA初號機，並且對其進行仿製得到了一部沒有靈魂的EVA零號機。然而沒有靈魂同步的EVA便無法使用，唯一的辦法是提取Lilith的靈魂物質製造了一個擁有使徒能力的克隆人，並使其聽命於人類。
與此同時，人類補完計畫與E計畫的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計畫反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次衝擊，於是利用初號機融合實驗的機會，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計畫的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震驚，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，將零號機克隆人的Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，甚至使其相貌也模仿唯，這一製造過程是通過Dummy System實現的，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，分享同一個靈魂。於是，The First Children——零號機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從源渡的她，將剛剛製造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭駡後隕命，而被利用完畢的赤木博士也隨之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二號機的研製員，她的靈魂被二號機強行剝奪了一部分導致其精神分裂，其女明日香則被選為The Second Children——建造中的二號機專屬駕駛員。對源渡來說二號機難以控制，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，因此他試圖將最重要的初號機交給自己的兒子以便控制。但將真嗣選為The Third Children卻必然招至Seele反對，因此源渡不得不耐心等待機會。
西元2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略自衛隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但威力不亞於核炸彈）攻擊均宣告無效。源渡的機會終於到了，真嗣正在前來NERV的路上...........
EVA整部動畫都是建立在複雜的宗教思想之上的。簡單的，從片名就可以看出Evangelion在英語裏是福音書的意思，這就不能不讓人想到舊約聖經了吧。而且，故事中充滿了所謂上帝、亞當、夏娃、以及死海文書(The Dead Sea Scrolls：注1)等的說法。整個故事就是建立在猶太教的基礎之上的，由於猶太教和基督教之間的密切聯繫所以才有如此多的我們所熟悉的聖經中的事物；然而，本片既不是猶太教的思想宣傳，也不是基督教的宗教影片，作者不過是借用了其中的故事概念來表達自己的思想而已——這些在下面的分析中將逐漸顯示出來。
既然談到宗教，就讓我們從EVA中的一個神秘的組織NERV開始我們的研究吧
NERV—GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL’S RIGHT WITH THE WORLD
看過EVA的人一定會對NERV的那個血紅色的標誌有深深的印象，同時也就會瞭解小標題中的那句GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD——是英國的詩人Robert Browning的詩句，我們可以暫時翻譯成“神不為者，人為之”，我們就可以從這句話中瞭解到NERV所代表的意義。正如碇源渡所言科學的力量是無窮的，請看在第十二話中碇源渡與東月在南極時的對話（此時兩人在航空母艦上）
東月：不允許任何生命的存在，死亡的世界——南極，不也許應該成為地獄吧。
碇源渡：但是我們人類卻站在這裏，以生物的樣子活的好好的。
東月：因為被科學的力量保護著麼。
碇源渡：科學的力量就是人的力量。
東月：就是這樣的傲慢心態才會引起十五年前的悲劇——第二次衝擊（注2），其結果就是這樣的慘狀。這樣的懲罰實在也太大了。簡直就是死亡之海呀。
碇源渡：但現在污染已消世界已經得到淨化。
東月：即使是滿身罪惡我也還是期待人類生存的世界存在。
且不說這段重要對話中對故事情節的揭示，就起揭示的思想觀點已經可以解釋NERV的那個血紅色的標誌的意義了NERV的標誌是以半片樹葉下面的NERV字樣為主體，下面環繞GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD的字樣。其實，那片樹葉實際上是一片無花果的葉子，也就是聖經中那象徵著亞當夏娃被逐出伊甸園的原罪——由於偷食了智慧果實的原罪；智慧禁果的表現轉換到EVA中也就是以NERV為代表的科學萬能念，而GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD也就正體現了NERV的這種科學萬能的思想（注3）。然而庵野秀明（注4）卻認為科學的力量是人類原罪的根源，所以NERV的標誌上才會有無花果的葉子，一方面代表了人類所背負的原罪；另一方面，作為NERV有這樣的意義的標誌也就體現了NERV的無所畏懼，無所敬畏，唯我至上的意志體現。碇源渡作為NERV的總司令也就集中了這種思想意志或者說是碇源渡帶給了NERV這種思想。而東月就作為懷疑論者擁有著人類應該有所信仰有所敬畏。東月認為正是因為人類自滿於自己的科學力量，試圖以科學的力量進行自己的成神計畫才導致了第二次衝擊——上帝對人類的懲罰。
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