要看懂EVA，就需先了解人類補完計畫是什麼?

人類補完計劃是由Seele這個組織所策畫，其目的是要使人類全部進化，
為了達成目標，成立了Nerv這個組織，並建造EVA，對抗使徒，
再利用渚薰(一個用來放靈魂的17使徒，內含亞當之魂-由Seele植入)
至Nerv底下的Lilith相結合再加上羅基奴斯之槍，藉以引發第三次衝擊，
毀滅全人類，重新再造人類。

該計畫只有少數人知道，碇源堂也是後來才知計劃的一人。
碇源堂並不是真心要使行人類補完計劃，而是藉Seele來使他和唯再相見。

TV版少了一段亞當植入碇源堂手中，但原設定中有。
所以碇源堂在最後才會將植入亞當的手伸入零體內之中，
因為零裝的是Lilith的魂，而碇源堂藉此成神與唯相見。

但因為碇源堂把零當工具，用完即丟(一堆零號等著)
只有碇真嗣會關心它，把它當人看，
所以拒絕碇源堂，回歸Lilith。

Lilith得魂後，成為神，以零的意志主導，
這時碇真嗣說出:大家都去死

零執行碇真嗣的心願，但碇真嗣又後悔且拒絕融合，
融合失敗，但人類已全滅了，剩下碇真嗣與明日香，
亞當與夏娃。


幾個重點:
TV版及MOVIE版沒交待的是第二使徒是誰?
從頭到尾都沒有此號使徒。

18使徒是人類，由Lilith生出來，其他使徒也是一樣。
第一次衝擊是四億年前的隕石撞地球;
第二次衝擊是Seele利用s2機關將亞當還原至卵，防止使徒覺醒，
卻引發第二衝擊。

第三次衝擊是碇真嗣造成的，人類肉體全化為LCL生命之水，
其靈魂回歸Lilith，至此除亞當與夏娃外，人類全滅亡了

個人認為TV版的結局是因為沒錢製作下去，才用另一種方式結束，
但因該劇太成功了，得以有MOVIE版來描繪預定中構想的情節。


由於舊作結局許多人不滿，不知新作後段是否會有大更改。